Example input file (md1.in)
3 0.001 0.20 20.0 0.5 0.29 0.00 -1.00 0.00 -0.50 -0.50 0.29 0.00 1.00 0.00 -0.50 0.00 -0.58 0.00 0.00 0.00 1.00